Al frente de la Iglesia de San Juan, en el punto más alto del Castillo, se encuentra el Palacio de los Grandes Maestres que era el centro administrativo y la “Acrópolis” de los Caballeros.
Tenía dimensiones imponentes (80 x 75 metros) y fortificaciones de defensa. Era tan fuerte que durante el asedio de 1522 sufrió muy pocos daños. La entrada principal se encuentra en la fachada sur flanqueada por dos imponentes torres. La fachada occidental está perforada por una puerta frente a la cual se eleva una alta torre cuadrada, probablemente obra del Gran Maestre Pierre d´Aubusson (1476-1503). En el sitio donde se encuentra el “Castello”, se halló una vez la antigua “Acrópolis Inferior”. Es también aquí donde se encontraba la acrópolis de los rodios del período bizantino (siglo VII).
Las influencias bizantinas son visibles en la manera que está diseñado el palacio con los apartamentos en la primera planta alrededor del patio central y las despensas en la planta baja. Durante los primeros años de la ocupación, los turcos lo utilizaron como prisión y luego lo dejaron derrumbarse. El palacio fue completamente destruido por una gran explosión en la iglesia de San Juan en 1852.
Cuando el reino de Italia ocupó Rodas en 1912, los italianos reconstruyeron el palacio como residencia vacacional para Victor Emmanuel III de Italia y luego para Benito Mussolini. Sus pisos están decorados con maravillosos mosaicos de los períodos helenístico y romano, traídos de la isla de Kos.
Las estatuas que se encuentran en el patio interior del palacio datan también de los períodos helenístico y romano. Existen indicios de que bajo sus cimientos yace el famoso templo de Helios con su fastuosa decoración.