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Durante el período paleocristiano Rodas pertenecía al Imperio bizantino. Rodas era un puerto comercial importante del Bizancio y un punto de cruce para las embarcaciones que navegaban entre Constantinopla y Alejandría. Era también una importante base militar del Bizancio.
Las murallas fortificadas bizantinas de Rodas (siglos VII y XIII) dividían la ciudad en dos secciones:
1) La Acrópolis (luego llamada Palacio de los Grandes Maestres) y la Aldea Alta que compone el área circundante a la acrópolis (posteriormente denominada el Colaquio).
2) La Aldea Baja (luego llamada Burgus). Actualmente las partes de esta fortificación que han sobrevivido se encuentran principalmente en el Colaquio y han sido incorporadas a más recientes estructuras. La ciudad de Rodas contaba con un gran número de iglesias y entre ellas, algunas basílicas de dimensiones impresionantes.
Se tiene poca información sobre el período bizantino. El trabajo de restauración que realizaron los italianos descuidó las edificaciones sobrevivientes a favor del período de los Caballeros.